什么是霰弹枪测序?

霰弹枪测序涉及将DNA序列随机分解为大量的小块,然后通过寻找重叠区域来重新组装序列。

大,哺乳动物基因组特别难以克隆,序列和组装,因为它们的尺寸和结构复杂性。结果,逐克隆测序虽然可靠且有条不紊,需要很长时间。随着更便宜的出现测序因此,更复杂的计算机程序,研究人员依赖于全基因组霰弹枪测序来解决更大,更复杂的基因组。

  • 霰弹枪测序最初用于弗雷德桑杰和他的同事们序列小型基因组,如那些病毒细菌
  • 全基因组霰弹枪测序绕过耗时的映射和克隆步骤,使克隆克隆测序如此慢。
  • 在全基因组霰弹枪测序整个基因组被分解成小碎片脱氧核糖核酸用于排序。
  • 这些碎片通常具有不同的尺寸,范围为2-20千面包(2,000-20,000基对)到200-300千千蒲碱(200,000-300,000个碱基对)。
  • 这些片段被测序以确定DNA的顺序基地,a,c,g和t.
  • 然后通过在碎片重叠的位置,通过计算机程序组装序列的片段。
  • 您可以想象霰弹枪排序作为撕碎一本书的多个副本(在这种情况下是一个基因组),混合所有片段,然后通过找到与重叠文本的片段重新组装原始文本(Genome)的重新组装和剪切再次预订。
  • 这种基因组测序方法由私营公司Celera基因组学的创始人使用Craig Venter,以序列人类基因组。venter想要序列人类基因组比公开资助的努力更快,并认为这是最好的方法。为了组装序列通风机,使用来自人类基因组项目的克隆逐克隆公开的数据。
  • 现在,随着技术的改善,全基因组霰弹枪测序用于提高现有基因组序列的准确性,例如参考人类基因组。
  • 它用于去除错误,在使用克隆克隆测序时填充最初组装的序列的间隙或校正部分。
  • 结果,应始终改善参考人类基因组以确保基因组序列是最高可能标准的。

霰弹枪测序有哪些优点?

  • 通过去除映射阶段,整个基因组霰弹枪测序是比克隆克隆测序更快的过程。
  • 全基因组霰弹枪测序使用克隆逐克隆测序需要的DNA分数。
  • 如果存在现有的参考序列,全基因组霰弹枪测序特别有效。通过将其与现有量对准更容易组装基因组序列参考基因组
  • 霰弹枪测序比需要遗传图谱的方法更快,更便宜。

霰弹枪测序有哪些缺点?

  • 需要大量的计算能力和复杂的软件,以便将霰弹枪序列组装在一起。为了将基因组从哺乳动物(长数十亿碱基)序列中,您需要大约6000万个单独的DNA序列读取。
  • 由于不使用遗传图谱,更容易制造组装错误。然而,这些误差通常更容易解决除其他方法中,并且如果可以使用参考基因​​组,最小化。
  • 全基因组霰弹枪测序只能真正进行,如果参考基因组已经可用,否则在没有现有基因组与其匹配的情况下,组装非常困难。
  • 整个基因组霰弹枪测序也可能导致需要通过其他,劳动密集型的序列等其他,克隆克隆测序来解决的误差。
  • 重复基因组和序列可以更难以组装。

此页面最近更新于2014-11-17